Česká limnologická společnost je pokračováním Československé limnologické společnosti, která vznikla v r. 1966. Navazovala na aktivity tzv. Hydrobiologické komise při Československé akademii věd, která se od r. 1951 snažila koordinovat a rozvíjet spolupráci mezi pracovníky a institucemi základního i aplikovaného výzkumu v oblasti vody a vodního hospodářství.
V oboru hydrobiologie se od převažujících směrů taxonomie, faunistiky a rybářství od šedesátých let vývoj ubíral ve směru kvantifikace organismů, stanovení jejich aktivity a stále více se orientoval na řešení dynamiky procesů ve vodách (interakce mezi abiotickými faktory a biologickými procesy, otázky produkce vodních biocenóz atd.) Tento vývoj a vztah k mezinárodní organizaci limnologů vedl zákonitě rovněž k rozšíření záběru původní hydrobiologické orientace a v r. 1966 tak byla založena také v Československu limnologická společnost.
Uvedený vývoj se také projevil na skladbě členské základny, kdy seznam pracovníků aktivně působících v hydrobiologii a “příbuzných oborech” obsahoval 169 jmen, zatímco první seznam členů Československé limnologické společnosti při ČSAV jich zahrnoval již 230. Při tom pouze 99 pracovníků bylo uvedeno v obou seznamech. V sedmdesátých a osmdesátých letech se počet členů pohyboval okolo 250.
Rozdělení Československa se v roce 1994 projevilo rovněž v rozdělení Československé limnologické společnosti na Českou limnologickou společnost a Slovenskou limnologickou spoločnosť. Úzká spolupráce však pokračuje i nadále a také pravidelné konference pořádané ve tříletých intervalech jsou organizovány jako společné, kdy pouze organizační záležitosti vyplývající ze Stanov jsou řešeny na oddělených zasedáních.
Pořádání pravidelných konferencí je jedním z osvědčených prostředků, jak prohloubit vzájemnou informovanost o řešených projektech a rovněž k obsáhlejším diskusím o aktuálních problémech limnologie, směrech výzkumu a širším využití jeho výstupů. Také tradice těchto konferencí byla založena již v r. 1951 – jako konferencí hydrobiologických. Od sedmé hydrobiologické konference, která se konala v Bystřičce na Moravě v r. 1967 pokračují tato pravidelná tříletá setkání jako konference limnologické. Informačním prostředkem pro členy České limnologické společnosti jsou Limnologické noviny (dříve Zprávy ČSLS), které jsou v současné době vydávány 4x ročně.
V současné době má Česká limnologická společnost 212 členů, kteří působí ve třech regionálních pobočkách (Brno, České Budějovice, Praha). Pro řešení specifické problematiky je při ČLS ustavena odborná skupina Biotesty. Bližší informace jsou obsaženy v další nabídce prezentace
